تأسست الوكالة الوطنية للطيران المدني في سنة 2004 بموجب المرسوم رقم 079-2004 بوصفها مؤسسة عمومية ذات طابع صناعي وتجاري تتمتع بالشخصية المعنوية والاستقلالية المالية.
تخضع الوكالة الوطنية للطيران المدني التي جاءت بديلا لمديرية الطيران المدني السابقة، للوصاية الفنية للوزير المكلف بالنقل. وتسعى الى إعداد قوانين وتشريعات الطيران وضمان الإشراف والمراقبة على الطيران المدني، خاصة في مجال الأمن والسلامة.